Ο Βασίλης Κοντοζαμάνης είναι Σύμβουλος του Πρωθυπουργού για θέματα Υγείας και μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Αρχής Ετοιμότητας και Εκτάκτων Καταστάσεων της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Από τον Ιούλιο του 2019 μέχρι και τον Σεπτέμβριο του 2021, ο Βασίλης Κοντοζαμάνης διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην επιτυχή διαχείριση της κρίσης που προκάλεσε στην Ελλάδα η πανδημία του COVID, με την επίβλεψη του συστήματος υγείας της χώρας ως Αναπληρωτης Υπουργός Υγείας, όπου ηγήθηκε τον σχεδιασμό και την εκτέλεση δομικών μεταρρυθμίσεων.